菩萨乘，代表大乘佛教。“菩萨”者，心大，布施大，菩萨大，分得大分而伏魔，故名菩萨。此乘之人根器较声闻、独觉乘人锐利，其最大特点是慈悲众生，以达到佛果为目的。坚持人无我和法无我，即人空和法空，不仅利己，而且帮助众生脱离生死苦难往度到涅槃彼岸；行佛、菩萨之行和般若六度。从基位讲，生死涅槃所摄诸法没有体性，人法皆空；从道位讲，主要学习三十七法，行般若六度，修十地法，以达到通达者相十一地为目的。
菩萨乘由唯识派、自续派和应成派等三大派别组成，后两派统属于中观学派。唯识派，亦叫“瑜伽行唯识派”，由无著、世亲兄弟两人创立。他们的思想来源主要有三点：第一，诸行无常，诸法无我，有漏皆苦等三法印；第二，藴界处；第三，四阿含中的唯识论思想。这一派提倡“万法唯识”、“三界唯心”、“唯识无境”，肯定精神世界，否定物质世界，并且运用二谛和遍计所执性、依他起性和圆成实性等方法，系统阐释一切现象都是由“识”所现的道理。
中观自续派，是宁玛派所判菩萨乘中思想境界略高于唯识派的一个学派，由清辩论师开创。主要采用因明的比量形式，确立自己观点的同时驳斥他人的看法，又破又立；运用二谛区分一切所知法，认为凡智也就是世俗智的境界，属于世俗，圣智即般若智的境界属于胜义，并把这种方法用来解释三性，倡导世俗谛有三性，胜义谛没有三性，实际上俗有真无，心外有境。
中观应成派，也叫“随应破派”。宁玛派将应成法看成是内道自相大乘的最高教法，也是圆满解释佛陀思想的一个重要学派。公元8世纪，月称论师在佛护论师的思想基础上创立。不过，宁玛派把中观自续派的创始人清辩论师也看成是应成派论师。中观应成派的主要特点是在方法上采取只破不立，从敌论的本身直接指出他们的过错。
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