贡噶仁钦（1475-1527），直贡替寺第十五任主持，久阿巴的次子，全名贡噶仁钦贝桑布。他17岁时受沙弥戒，20岁受比丘戒，在1494年至1527年间出任主持。此前，直贡主持位空悬达10年之久。贡巴一职初由贡噶仁钦的母亲担任，其后以年迈为由，让直贡寺下院的轨范师绛曲仁钦的侄子贡布坚参担任。贡噶仁钦在位时期，西藏社会进入多事之秋，各地方势力之间、各教派之间矛盾四起。1481年，仁蚌·顿月多吉进军前藏，1497年仁蚌巴控制拉萨。1500年，顿月多吉同时邀请噶玛红帽四世曲扎益希和贡噶仁钦到吉续。从此，直贡派加入到仁蚌政权和噶玛派行列，合力对付格鲁派和帕珠派。《直贡法嗣》说：“1516年卫藏间发生战乱，直贡佛教也受到损害。贡嘎仁钦陈述直贡寺与帕珠丹萨梯寺之间的友好历史，但只是有助于我军顺利分散，而没有取得实质性的效益”；“不久乃东巴（即帕珠政权）举大兵，直逼墨竹地区，我方由贡巴贡布坚参迅速带兵前去迎战。”1518年，帕珠派迫使仁蚌巴势力退出拉萨地区。1519年，贡噶仁钦前往羊八井寺谒见曲扎益希，密商仁蚌巴退出拉萨后的对策。1521年前后直贡派又与沃卡达孜宗发生争战，“我方大军将沃卡瓦军队人财俱获，于是带走一些主仆为人质”。
关于直贡派与格鲁派之间的争斗，在《西藏王臣记》中记载：“原先直贡派与噶丹派（即格鲁派）在政教两方面有着密切联系，但是这位主持（即贡噶仁钦）迫使直贡属下的格鲁派寺院的僧人改变僧帽（改黄帽为红帽，即改格鲁派为噶举派），并武力威胁其他寺院。几乎无时不兴兵作乱，对直贡噶举没有做什么有益事就圆寂了。”东嘎·洛桑赤烈在《论西藏政教合一制度》中说：“1526年，直贡主持贡噶仁钦督率工布和雪卡士兵，抢占了在直贡和墨竹地区的属于噶丹寺的庄园，因此，直贡派和格鲁派之间爆发了战争。”又云：“1537年，直贡派夺得了格鲁派在直贡和墨竹一带的十八座大小寺庙，并改变了这些寺庙的僧人帽子颜色。”《直贡法嗣》也承认了直贡派与帕珠派和格鲁派之间之所以产生矛盾，以致刀剑相见，其责任在直贡派，但把这个责任又全推在直贡政务官贡巴贡布坚参的身上。“以前，山居噶丹派与直贡派之间，在政教方面的关系都很密切，只因贡巴贡布坚参把澎域地区收归我方，使克珠门朗白瓦不满，故有噶丹派僧兵的进犯。而且直贡与帕珠之间也出现了许多相互抱怨之事。我万户府内一些人也多次挑动战乱，让格鲁派诸寺改宗……”
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