自达隆寺第二十任主持赤烈丹增朗杰（1691-1745）开始，达隆寺主持不再由噶斯家族成员担任，而是采用活佛转世制度。达隆寺第二十一及二十二任主持扎西强白嘉措（1672-1706）及益希曲珠（1709-1732），分别就是第十八任主持扎西贝珠的转世，以及第二十一任主持扎西强白嘉措自己的转世。
从1720年起，达隆派亲教师等任命的权力由格鲁派的甘丹颇章政权又下放到达隆派，也允许由噶斯家族成员来担任达隆寺主持。但是，此时噶斯家族后嗣中已经没有能担任主持的人，因此仍由活佛担任。达隆派开始正式采用活佛转世制度。达隆派被没收的部分土地和属民也得到归还，其元气有所恢复。
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