“赤巴”，有首席、首座等意思，如首席堪布叫堪布赤巴，首席噶伦叫噶伦赤巴，在宗教上，“赤巴”意为法台或主持，“甘丹赤巴”就是甘丹寺的主持，宗喀巴为第一任主持，之后由其大弟子贾曹杰·达玛仁钦和克珠杰·格勒白桑担任甘丹赤巴。由于甘丹寺是格鲁派始祖宗喀巴亲自奠基建成的第一座格鲁派寺院，宗教地位很高，所以甘丹赤巴也具有很高的社会地位，其职位仅次于达赖喇嘛和班禅，出行时享有喝道、擎黄伞盖等礼遇。在格鲁派中，甘丹赤巴也是宗教意义上的教主，是教徒们终生苦修渴望得到的最高职位，政治上时常参与政府的决策或出任西藏摄政。从1409年开始，有过百位甘丹赤巴，他们在西藏宗教甚至西藏政治史上都起到过举足轻重的作用，当中有人担任过西藏地方政府的摄政，主持西藏地方政治工作，有的担任过达赖喇嘛的经师，负责达赖喇嘛的学习，很多人因为影响大，学识高，被认为大活佛，形成了著名的活佛转世系统。
历代甘丹赤巴：
第一任:宗喀巴大师
第二任:贾曹杰·达玛仁钦
第三任:克主杰大师
第四代:法台夏鲁巴·勒第五代甘丹法台雅德·罗珠却珺巴坚赞(妙幢)。
第五代甘丹法台雅德·罗珠却珺(智慧护法)。
第六代甘丹法台克珠·唐吉钦巴之弟跋苏·却季坚赞(法幢)。
第七代甘丹法台法主·罗追丹巴(慧坚)。
第八代甘丹法台法主门朗班瓦(愿吉祥)。
第九代甘丹法台是赤钦·洛桑尼玛(大法后惠日)。
第十代是丹玛·益希桑布(妙智)。
第十一代是塔钦·洛桑扎巴(善慧名称)。
第十二代是嘉木漾，希侥勒班罗追(妙音·善智妙慧)。
第十三代是赤钦·却季协守(法友)。
第十四代是堆龙巴·仁钦维赛(宝光)。
第十五代是班钦·索南扎巴(福称)。
第十六代是迦热·却琼嘉措(护法海)。
第十七代是木雅·多吉桑布(妙金刚)。
第十八代是齐日·坚赞桑布(善幢)。
第十九代是赤钦·阿旺却季扎巴(语自在法称)。
第二十代是赤钦·却扎桑布(法称善)。
第二十一代是法主德瓦坚巴·格勒班桑(妙吉祥贤)。
第二十二代是砻雪根顿，丹巴饶杰(教盛)。
第二十三代是法主才旦嘉措(长寿海)。
第二十四代是额噶瓦·强巴嘉措(慈海)。
第二十五代是赤钦·班觉嘉措(富海)。
第二十六代是赤钦·当曲班巴(圣教炬)。
第二十七代是法主释迦仁钦(释迦宝)。
第二十八代是赤钦·根顿坚赞(比丘幢)。
第二十九代是卓尼·协宁扎巴(善知识称)。
第三十代是达隆查巴·罗追坚赞(慧幢)。
第三十一代是法主当曲班瓦(圣教祥)。
第三十二代是仲孜·楚程曲培(戒法增)。
第三十三代是赤钦·扎巴嘉措(名称海)。
第三十四代是赤钦·阿旺却季坚赞(语自在法幢)。
第三十五代是林麦沙布隆·降央贡郊曲培(曼殊宝法增)。
第三十六代是工布·旦增勒协(掌教善说)。
第三十七代是赤钦·根顿仁钦坚赞(比丘宝幢)。
第三十八代是朝达瓦·丹巴坚赞(教幢)。
第三十九代是赤钦·贡却曲桑(宝善法)。
第四十代是法主阿里巴·班丹坚赞(具德幢)或称丹巴坚赞(法幢)。
第四十一代是夏孜·洛桑坚赞(善慧幢)。
第四十二代是赤钦·洛桑顿悦当曲(善慧不空圣教)或称尊者朗塔多吉(清净金刚)。
第四十三代是赤钦·强巴扎喜(慈吉祥)。
第四十四代是鲁布·阿旺洛追嘉措(语自在慧海)。
第四十五代是卓尼·嘉木漾楚程培杰(曼殊戒昌)。
第四十六代是桑洛京巴嘉措(施意乐海)。
第四十七代是邦达瓦·洛桑曲培(善慧法增)。
第四十八代是赤钦·顿珠嘉措(义成海)。
第四十九代是赤钦·洛桑塔杰(善慧昌隆)。
第五十代是贡塘赤钦·根顿平措(僧圆满)。
第五十一代是霍藏赤钦·班丹扎巴(具德名称)。
第五十二代是赤钦·阿旺曲培(语自在法增)。
第五十三代是赤钦·坚赞森格(胜幢狮)。
第五十四代是赤钦·阿旺乔丹(语自在具胜)。
第五十五代是桑查赤钦·阿旺朗喀(语自在虚空)。
第五十六代是赤钦·洛桑赤梅(善慧无垢)。
第五十七代是赤钦·桑丹平措(三昧圆满)。
第五十八代是夏琼瓦·阿旺曲扎(语自在法称)。
第五十九代是秋桑·阿旺曲扎(语自在法称)。
第六十代是赤钦·洛桑丹巴培杰(善慧法隆)。
第六十一代是擦朵·阿旺楚程(语自在戒)。
第六十二代是赤钦·洛桑门朗(善慧愿)。
第六十三代是赤钦·洛桑堪乔(善慧贤胜)。
第六十四代是赤钦·洛桑扎喜(善慧吉祥)。
第六十五代是赤钦·根顿楚程(僧戒)。
第六十六代是甲琼·阿旺年扎(语自在盛誉)。
第六十七代是降央门朗(妙音愿)。
第六十八代是赤钦·洛桑格勒(善慧圆满)。
第六十九代是赤钦·降秋曲培(菩提法增)。
第七十代是赤钦·阿旺曲培(语自在法增)。
第七十一代是赤钦·益希塔堆(智欲脱)。
第七十二代是赤钦·降白楚程(曼殊戒)。
第七十三代是擦杂·阿旺降白楚程嘉措(语自在曼殊戒海)。
第七十四代是洛桑伦珠(善慧运成)。
第七十五代是赤钦·阿旺隆朵嘉措(语自在教证海)。
第七十六代是赤钦·洛桑钦饶旺秋(善慧妙智自在)。
第七十七代是赤钦·楚程培杰(戒昌)。
第七十八代是赤软·降央塔杰(妙吉祥盛)。
第七十九代是赤钦·洛桑京巴(善慧施)。
第八十代是赤钦·扎巴顿珠(称义成)。
第八十一代是赤钦·阿旺诺布(语自在宝)。
第八十二代是赤钦·益希曲培(智法增)。
第八十三代是赤钦·降秋朗喀(菩提虚空)。
第八十四代是赤钦·洛桑楚程(善慧戒)。
第八十五代是赤钦·楚程班丹(戒吉祥)。
第八十六代是策门林巴·洛桑坚赞(善慧幢)。
第八十七代是赤钦·阿旺土丹旦白坚赞(语自在佛教教幢)。
第八十八代是赤钦·钦饶悦丹(慧德)。
第八十九代是赤钦·洛桑年扎嘉措(善慧誉海)。
第九十代是赤钦·强巴曲扎(慈法称)。
第九十一代是赤钦·洛桑坚赞(善慧幢)。
第九十二代是赤钦·土旦宁齐(佛教日)。
第九十三代是赤钦·益希班丹(智吉祥)。
第九十四代是赤钦·伦珠尊珠(运成精进)。
第九十五代是赤钦·扎西东堆(吉祥伏千)。
第九十六代是赤钦·土旦贡噶(佛教喜庆)
第九十七代甘丹赤巴是林仁波切(任期:1964-1983)
第九十八任甘丹赤巴(任期:1983-1987)
第九十九代甘丹赤巴(任期:1987-1994)
第一百任甘丹赤巴:洛桑尼玛(任期:1994-2002)
第一百零一任甘丹赤巴:龙日南杰法王(任期:2002-?)
第一百零二任甘丹赤巴:图丹尼玛隆多丹增诺布仁布切(日宗仁布切)(任期:2009-)
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