密教中，表示佛、菩萨等诸尊所说真言之梵字。乃真言行者修字轮观时所观照者。又作种字、种子字。所以称种子者，乃因其具有‘自一字可生多字，多字复可赅摄于一字’之意。故知‘种子’一词，含有引生、摄持之义。例如合十字为一句，若以第一字为种子，则可依之引生下面九字所具有之观智，同时此九字之意义亦可摄入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字专注行观，修诸行愿，即能于一切行愿皆得圆满。
一般而言，种子具有三义，即：(一)了因义，譬如由烟而识火之体性；经由观种子之字门，即可了知佛智。(二)生因义，譬如由谷类等之种子可生出根茎花果等；由种子可生三昧耶形。(三)本有义，意谓字门即诸法之根源，具足本来之性德，而可作为轨范者。以具足上述三义，故密教诸尊多以之为表征。
诸尊之种子，就来源而言，有下列数种：(一)较常见者，多采取真言之第一字，例如胎藏界大日如来之种子字，月天之种子字，水天之种子字。(二)以真言之中字为种子者，如地藏之种子字。(三)亦有采用真言之终字为种子者，如金刚界大日如来之种子字，释迦之种子字。(四)取梵号以为种子者，如文殊之种子字，药师之种子字。(五)取自与本誓相应之用语，如圣观音之种子字，系取自
samantamukha（普门）一语。(六)真言与梵号并取者，如阿弥陀佛之种子字。
除一尊各别之种子外，另有共通于此类诸尊之种子，称为通种子，例如金刚界五部，各以其主尊（大日、阿閦、宝生、弥陀、不空成就）之种子为其各部之通种子。又种子并不限于诸尊所用，一切法门悉得建立种子，如五大各有其种子：地之种子为（阿字门），水为（缚字门），火为（啰字门），风为（诃字门），空为（佉字门）。此外，书写种子之曼荼罗，称为种子曼荼罗；以种子观行，则称种子观。历来有将密教经轨中诸尊之种子辑录成诸尊种子真言集、种子集等。
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