根敦嘉措（1475-1542），1475年出生在后藏达纳地方的岳噶多吉丹，10岁时，以班钦·隆日嘉措为首的扎什伦布寺经师们商议后，认定他为根敦珠巴的转世，被迎请到扎什伦布寺，后来被追认为第二世达赖喇嘛。12岁时，他在班钦·隆日嘉措身前接受了近事戒，起名根敦嘉措贝桑布。当年冬季法会期间，在扎什伦布寺出家。他先后依止班钦·隆日嘉措、班钦·益希孜摩等上师学习《释量论》及其他诸部大论，还跟益希孜摩听受了许多灌顶、教诫等。
1494年，根敦嘉措前往哲蚌寺学经，跟从嘉央列巴曲觉听受《入中论》、《现观庄严论》、《密宗道次第广论》等显密教法。21岁时在哲蚌寺受比丘戒。根敦嘉措28岁时，完成了《文殊菩萨名号经注释》。此后，他到后藏的达纳，跟从上师贡噶坚赞听受了许多教诫、经咒；然后又来到前藏，在热振、甘丹、上下密院等处讲经传法。
1509年秋季，根敦嘉措在塔波地区的加查宗拉姆拉措湖滨修建了群科杰梅朵塘寺，修建了大经堂内的佛像佛塔，并在此地设立了大施食法会。这期间他从班钦·索朗则摩学习了从宗喀巴大师传承下来的六臂怙主的除障法、《时轮根本续广疏》、《十三尊怙主教教》、《胜乐根本续广释》、《呼金刚广释》以及《宗喀巴师徒三人全集》、《遍知一切根敦珠巴全集》等。后来，群科杰寺和拉姆拉措湖被认定为格鲁派的圣地。西藏僧俗许多人认为未来的事情能够在湖水中显现出来，于是后辈达赖喇嘛去世后寻访转世“灵童”时，西藏僧俗上层往往派人到这里来看拉姆拉措湖中的显现情况。1510年，扎什伦布寺上层迎请根敦嘉措就任扎寺的第五任法台。在任的6年时间里，他将扎寺大殿扩建为82根柱子，按时建成了40间僧舍。在夏季和冬季法会期间，他每天向广大僧众讲授《释量论》、《俱舍论》、《般若十万颂》、《密续注疏》等众多显密经论。1517年，因哲蚌寺堪布的推荐和哲蚌寺全体僧众的请求，根敦嘉措被帕珠政权委任为哲蚌寺第十任堪布。从此以后，他每年冬、春季住在哲蚌寺，夏秋两季住在群科杰寺。
据《黄琉璃》记载，1530年根敦嘉措在帕珠政权的资助下，在哲蚌寺南角修建了甘丹颇章宫。后来三、四、五世达赖喇嘛都居住在这里，直到五世达赖扩建布达拉宫后，达赖喇嘛的住所才迁到布达拉宫。
1526年，根敦嘉措被委任为色拉寺堪布。1542年，根敦嘉措在哲蚌寺圆寂，享年67岁。根敦嘉措圆寂以后，哲蚌寺的上层喇嘛开始正式寻找他的转世灵童。1544年认定了堆龙地方的一个贵族子弟为他的转世，并于1546年把这个年仅4岁的幼童迎请到哲蚌寺，让他接替根敦嘉措的法位，称他为活佛。这个幼童就是第三世达赖喇嘛索朗嘉措。这件事可以说是格鲁派采用活佛转世制度的开端。
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